Cu scopul valorificăii diversităţii microbiene, din anul 1993 Institutul de Microbiologie al AŞM a întreprins eforturi în vederea creării Colecţiei Naţionale de Microorganisme (CNM), care întruneşte diferite grupe taxonomice de microorganisme (bacterii, fungi, drojdii, actinomicete, cianobacterii, microalge) – obiecte ale cercetărilor fundamentale şi aplicative. Tulpinile de microorganisme depozitate în CNM au fost antrenate în cercetări fundamentale şi aplicative, direcţionate soluţionării unui şir de probleme prestante de ordin economic şi social precum: aprovizionarea gospodăriilor agricole cu îngrăşăminte bacteriene şi alte preparate obţinute în baza microorganismelor; asigurarea ramurilor industriei alimentare cu preparate enzimatice pe larg utilizate în producerea conservelor şi sucurilor de fructe şi legume, vinificaţie, producerea de bere şi băuturi răcoritoare, fabricarea pâinii şi produselor de patiserie, în zootehnie; obţinerea preparatelor medicamentoase etc.
În Institutul de Microbiologie al AŞM pe baza tulpinilor autohtone de microorganisme au fost elaborate tehnologii de obţinere a diferitor preparate bilogice.
Pe parcursul a 7 ani de activitate CNM nu a beneficiat de fonduri speciale iniţiale pentru organizare şi a fost finanţată doar la nivel de cercetări la Comanda de Stat. Finanţarea insuficientă şi periodică, a făcut imposibilă înzestrarea colecţiei cu utilajul necesar (termostate, frigidere, microscoape), mijloace de informare şi comunicare etc.
Reieşind din importanţa Colecţiei Naţionale de Microorganisme pentru republică, Institutul de Microbiologie al A.Ş.M. a solicitat Guvernului Republicii Moldova să examineze problema creării şi finanţării speciale instituţionale a Colecţiei Naţionale de Microorganisme.
În scopul conservării şi utilizării eficiente a resurselor microbiene în economia naţională (aprovizionarea agriculturii şi zootehniei cu preparate bacteriene, obţinerea preparatelor enzimatice pentru industria alimentară, producerea medicamentelor etc.), dezvoltării cercetărilor ştiinţifice şi producţiilor biotehnologice, elaborării şi completării băncii de date privind microorganismele, Guvernul Republicii Moldova hotărăște:
A permite Academiei de Ştiinţe a Moldovei să creeze pe lîngă Institutul de Microbiologie Colecţia Naţională de Microorganisme ca instituţie republicană de depozitare, cercetare, informare şi coordonare în limita mijloacelor prevăzute în Comanda de Stat pentru anii 2001-2005 (cifrul 03.06.03.) şi mijloacelor suplimentare în sumă de 206,6 mii lei pentru crearea Colecţiei şi procurarea utilajului necesar (anul 2002) şi finanţarea anuală ulterioară – 85 mii lei.
Colecţia Naţională de Microorganisme Nepatogene (în continuare – CNMN) a fost organizată în baza Hotărîrii Guvernului Republicii Moldova nr. 807 din 2 iulie 2003 şi a Hotărîrii Prezidiului Academiei de Ştiinţe a Moldovei nr.41 din 31 iulie 2003. Finanţarea CNMN s-a efectuat din bugetul de stat.
Prin Hotărârea Nr. 1326 din 14.12.2005, cu privire la măsurile de optimizare a infrastructurii sferei ştiinţei şi inovării, CNMN (Colecția Națională de Microorganisme Nepatogene) a fost contopită cu Institutul de Microbiologie și Biotehnlogie al AȘM.
Din 2006 până în prezent CNMN este finanțată din proiecte de cercetare.